Untuk saat ini UNY berkerja sama dengan beberapa universitas di Asia, Eropa, Amerika, dan Selandia Baru. Sesuai dengan kesepakatan kedua belah pihak, hubungan ini terjalin dalam berbagai bentuk  kerja sama, yaitu dalam program akademik, penelitian, kemahasiswaan, dan/atau peningkatan kualitas staff kampus.